Secondo gli studi e le misure realizzati da esperti indipendenti, la probabilità di incontrare rocce amiantifere durante lo scavo del tunnel di base è quasi nulla. 
Occorre sottolineare che lo scavo di tunnel idroelettrici ed autostradali nelle vicinanze del futuro tracciato della Torino-Lione non ha rivelato alcuna traccia d'amianto.

Dispositivi di protezione. Sono già stati programmati degli accertamenti specifici complementari nel caso in cui fosse rilevata la presenza di rocce amiantifere. Durante l’esecuzione di scavi tradizionali (realizzati con l’esplosivo) o meccanici (realizzati con una fresa), sarebbero messi in atto gli appositi procedimenti di protezione delle persone e dell’ambiente. Questi procedimenti, adattati a diversi livelli di rischio, sono stati recentemente messi in opera in Svizzera durante gli scavi del tunnel del Lötschberg su una tratta di 3,5 km complessivi, dimostrandone l’efficacia. Essi implicano un monitoraggio geologico continuo, la realizzazione di ricognizioni progressive durante l’avanzamento, nonchè la misura della concentrazione delle fibre amiantifere. Essi prevedono fra l’altro l’attuazione di procedure di protezione individuale per gli operai, oltre all’installazione, ad esempio, di cortine d’acqua e di filtri a umido posti sul sistema di aerazione (allo scopo di trattenere anche le più minuscole particelle d’amianto).

Materiali di risulta amiantiferi. Per evitare di sottoporre al seppur minimo rischio il personale impiegato nei cantieri e le popolazioni locali esistono diverse soluzioni previste per il trasporto ed il deposito in discarica di materiali contenenti rocce amiantifere. In Svizzera il materiale di scavo preventivamente bagnato è stato trasferito alle discariche, con camion coperti e, giunto sui luoghi di deposito, è stato confinato sotto uno strato di rocce non amiantifere. In Italia, secondo la legge in vigore, gli eventuali materiali di scavo amiantiferi devono essere trasportati via container dopo essere stati resi inerti, quindi essere depositati in un’apposita discarica autorizzata, ubicata sul suolo italiano.